司法机关独立行使职权有两层含义：一是法律规定，国家的司法权只能由国家司法机关统一行使，其他任何机关、组织和个人都无权行使，二是法律规定司法机关独立行使职权时，不受其他行政机关、社会团体和个人的干涉。